按照环境保护部批准的《中国环境监测总站转型发展纲要》要求，“十二五”时期中国环境监测总站在转型发展过程中要加强“天地一体化”的生态环境监测与评价技术研究，推动国家生态环境监测网络建设，开展遥感与地面监测相结合的生态监测。省洞庭湖生态环境监测中心因有多年开展生态环境监测工作的基础，受托承担洞庭湖湿地生态系统监测任务，旨在评估湖泊湿地生态系统健康状况。　　

至2011年11月底，中心全面开展洞庭湖湿地生态系统生物群落、地表水、空气、降雨、底质淤泥等环境要素的监测，通过收集和整理数据，已完成了监测报告编制任务。该项工作重点突出洞庭湖湿地生物群落的结构和功能状况，特别是退化状况，并根据各环境要素监测结果分析对洞庭湖湿地生态系统发展不利的环境要素，从而进一步评估监测区域生态系统服务功能现状，下一步将根据各要素特点选择指标建立监测指标体系。